十一月初九，两军又在石子河布阵而战。李密布阵南北10余里，翟让率军先与王世充战，不利而退，王世充军追击瓦岗军，王伯当、裴仁基从一旁横断隋军后路，李密率领中军反击，王世充军惨败西逃。再次打败了朝廷大军王世充后，瓦岗军的声势更为强盛，而作为瓦岗之主的李密无论是威望还是势力都是随之高涨。
由于李密的势力日益强大，他和瓦岗前首领翟让之间的矛盾也逐渐激化起来。李密虽为翟让所推，但对其也心存戒备，平日”恭俭自励，布衣蔬食，所居之室，积书而已。子女珍玩，一无所取。密又仪形吵小，让弗之忌”。李密建蒲山公营后，“麾下士卒多为让士卒所陵辱，以威约有素，不敢报也”。李密为魏公瓦岗之主，掌握大权之后，威权日高，逐鹿天下政治野心开始逐日暴露。为保住个人独揽大权，李密挑选“勇士尤异者”8000人作为他的“内军”，常说“此八千人足当百万”。同时还拉拢重用秦叔宝、程咬金等隋朝降将，罗士信、赵仁基等也率所部归附李密，李密命其为总管，仍统所部。李密的这些作为，引起了翟让等瓦岗军老将士的不满和反对。
在与王世充的黑石之战刚结束时，翟让的司马王儒信劝他自己作冢宰，执掌军务，以夺李密之权，没有野心的翟让不从。翟让的哥哥翟弘当时为柱国、荥阳公，为人粗愚，此时也说：“天子止自作，安得与人？汝若不能作，我当为之”。翟让大笑，不以为意，李密得知后却很不高兴。翟让又对左长史房彦藻说：“君前破汝南，大得宝货。独与魏公，全不与我。魏公我之所立，事未知”。房彦藻心中害怕，便告诉了李密。这就不免引起李密左右的疑惧，房彦藻和左司马郑颋就劝李密说：“让贪愎不仁，有无君之心，宜早图之。”李密表示：“今安危未定，遽相诛杀，何以示远！”郑颋又说：“毒蛇螫手，壮士解腕。所全者大故也。彼先得志，悔无所及”。在李密一派人的一再怂恿与劝说下，犹豫的李密终于同意采取行动。
大业十三年十月十一日，李密置酒宴请翟让，翟让与翟弘及翟弘子翟摩侯前去赴宴。李密与翟让、翟弘、裴仁基、郝孝德共坐，单雄信等皆立侍。此时房彦藻、郑颋往来检校，李密说：“今日与达官饮，不须多人，左右止留数人给使而已。”李密的部下按计划都退下。但翟让的部下并未离开。这时房彦藻对李密说：“今方为，天时甚寒，司徒左右，请给酒食。”李密便说：“听司徒进止。”没有戒备的翟让觉得有理。便让部下退出去喝酒。这样翟让的部下便被轻而易举的引开，只剩下李密、翟让和侍卫蔡建德三人。此时李密拿出良弓，请翟让试射。翟让刚刚拉满弓，蔡建德突然举刀从后面砍杀翟让。翟让大吼一声。倒在床前。随即李密部下又将翟弘、翟摩侯王儒信等杀死。徐世勣见状仓皇走出，被守门的兵士砍伤了脖子，受重伤。多亏王伯当喝住兵士，才救回徐世勣。单雄信叩头求活，被李密释放。其余随从人员一时惊扰，不知所措。李密出来大声说：“与君等同起义兵，本除暴乱。司徒专行暴虐，陵辱群僚，无复上下，今所诛止其一家，诸君无预也。”然后李密又亲自为徐世勣裹伤。此时翟让部众都想散去，李密使单雄信前往宣慰，又单骑入营中加以安抚。令徐世勣、单雄信、王伯当分领其众。这样，瓦岗军混乱的形势得到稳定。
翟让作为瓦岗军的前首领，带领瓦岗军上下从大业七年就开始造反，在瓦岗军上下有着根深蒂固的领袖权威。而李密作为一个外来人员，从加入瓦岗到杀翟让时间满打满算也就一年的时间，作为瓦岗的首领时间更是短的没话说。然而李密为了自己对瓦岗的全面掌控，神差鬼使的动“政变”来谋杀掉前首领翟让。这场瓦岗军的内部“政变”是瓦岗军新老势力矛盾逐渐尖锐化的必然展，但是它生的时间来的太快，使得瓦岗军上下都没有接受的心理准备。因此在李密杀掉翟让，株连了瓦岗军的基本骨干，接着又收买单雄信、王伯当等人，安抚了徐世勣等将领后，瓦岗军上下从此互相猜疑、离心离德，这为李密后来的失败种下了恶果。
十二月二十四日，王世充部有投降李密的，李密问：“世充军中何所为？”军士曰：“比见益募兵，再飨将士，不知其故。”从军士的口是李密得知王世充部粮草供应紧张，便对裴仁基说：“吾几落奴度中，光禄知之乎？吾久不出兵，世充刍粮将竭，求战不得，故募兵飨士，欲乘月晦以袭仓城耳，宜速备之”。。于是命平原公郝孝德、琅邪公王伯当、齐郡公孟让率所部埋伏仓城附近以待王世充。王世充部果然来夜袭仓城，结果中了瓦岗军埋伏，大败而逃。隋军骁将费青奴被瓦岗军斩杀，士卒战溺死者千余人。
大业十四年(618)正月，王世充得到7万援军的补充后，在洛水之北进攻李密部，又被打败，于是，兵屯巩县之北。正月十五日，王世充命令诸军建造浮桥，伺机大举反攻瓦岗军。由于缺乏统一指挥，形成桥先造成的部队先进攻、前后动作不一的局面。虎贲郎将王辩攻破瓦岗军外栅，李密营中惊扰乱作一团将要败溃。王世充却不晓得这时战况，鸣号角收拢王辩军，李密乘机率领敢死队猛烈反击。隋军大败，争相过桥，溺死者万余人。王辩、杨威、霍世举、刘长恭、梁德重、董智通