围绕着它的长脖子，人们争论不休，许多学者欣喜地宣布：它是“活着的蛇颈龙”。日本横滨国立大学的鹿间时夫教授认为：“从照片上看，仅限于爬行类，然而可以考虑太古生息过的蛇颈龙，可以说是发现了名副其实的活着的化石。”日本国立科学博物馆古生物第三研究室小岛郁生也说：“从照片看来，似乎是蛇颈龙后裔。蛇颈龙有两种，一种是头小颈长，一种是头稍大颈短；这似乎是颈短的一种……"法国自然博物馆副馆长包雪女士以及一些新西兰生物学家等都同意这种说法。
的确，怪兽与蛇颈龙有着极其相似的地方。人们以怪兽骨骼图与蛇颈龙的化石骨骼做了比较，无论是整个骨架结构，或者局部的鳍、尾、颈，都与之相似。特别应该指出矢野的怪兽骨骼图是根据他的目测和推测画的，并不完全准确，但其结构与短颈蛇颈龙如此相像，不能不说这种蛇颈龙说是有一定根据的。蛇颈龙是生存于佛罗纪后期至白里纪时期的一种海洋爬行动物，它的细脖子很长。与它外形相似的陆上蜥脚类恐龙，最初也有着细长脖子，但是发展到佛罗纪后期，这种细长颈的恐龙逐渐消亡，代之而起的是白垩纪早期的素食龙（如肿头龙、沧龙等），颈部都比较短了。
蛇颈龙也向颈短的方向发展，如果是这样，日本发现的这头怪兽也可以说是更进化了一些吧？于是报上宣布：“这是本世纪的最大的发现！”但是不久，对那一把唯一的物证——怪物须条，东京水产大学进行了蛋白质的分析，发现它的成分酷似鲨鱼的鳍须，于是报纸、新闻又转向鲨鱼说，一时间“巨鲨”、“一种未见过的鲨鱼”的说法又充满了报纸。此时，英、美一些国家的生物学家也持此观点。
英国伦敦自然史博物馆的奥韦恩·惠勒说：“这个猎获物大概是鲨鱼，以前在世界各海滨附近曾发现许多别的怪物，结果弄清楚后，都是死鲨鱼。鲨鱼是一类软骨鱼。它们没有硬骨架。当鲨鱼死后，尸体逐渐腐烂时，头部和鳃部先从躯体脱垂，这样就形成一个细长的‘颈‘，末端像个小小的头。许多日本渔民，甚至更为内行的人都被类似蛇颈龙的形状所愚弄……”这种说法似乎很有道理，而且一时间许多持有蛇颈龙说法的人也都放弃了自己原来的主张。怪兽等于鲨鱼，仿佛已成定论。
但是，经过再次测试须条，又不能肯定它是鲨鱼了，加上一部分学者坚持爬虫说，鲨鱼说又开始动摇。的确，根据科学家和日本记者的现场调查，提出了种种否定它是鲨鱼的根据：
其一，鲨鱼的肉是白的，姥鲛的肉是粉红色的，而怪兽则是赤红的。
其二，当“瑞弹丸”船员们把它捞上来时，现场没有一个人怀疑它是鲨鱼，为什么呢？记者调查了这个问题。原来鲨鱼没有排尿器，体内积蓄的尿是利用海水的浸透压力，从全身排出的；因此，鲨鱼的肉有一种尿特有的臭味，有经验的渔民都会闻出来。“瑞弹九”的渔民们正是由于这一而否定了它是鲨鱼。
其三，如果真是鲨鱼，那么具有软骨架的鲨鱼，在死了半年之后，是绝对不会被起重机吊起来的。因为尸体开始腐烂，软骨也开始腐烂，尸体的软骨架绝对经受不住大约两吨的自重。对此，许多鱼类学权威都认为这是否定鲨鱼说的一个重要论据。
其四，怪兽有较厚的脂肪层，包裹在全身的肌肉上，而鲨鱼只在肝脏里才有脂肪。
于是，从鲨鱼说又转回到爬行类动物说。证明怪兽可能是爬行类动物还有一个重要的论据，即怪兽的头部呈三角形，这是爬行类独具的特点，日本著名科学漫画家石森章太郎根据骨骼草图，画了一幅怪兽复原图，如果照此图来看，它可真像一个爬虫类动物了。1977年9月1日和19日，在日本东京召开了两次有关怪兽身份问题的学术讨论会，参加会议的人有鱼类、化石、鲸鱼、古生物学、比较解剖学、生物化学、血清等方面的学者共19人。他们研究了照片、草图和鳍须的组织切片，进行了认真地讨论，写出了9篇论文。综合两次座谈会的讨论意见，会议主持人、东京水产大学校长佐木忠义于同年12月15日下午向报界发表了日本学术界的研究结论：
(1)从怪兽鳍端须条的化学成分来看，得不出是鲨鱼的结论；
(2)从怪兽的两对腹鳍、长身体、长尾巴以及身体表面都是脂肪等特点来看，是和迄今已知的鱼类完全不同的一种动物；
(3)在分类学上，很可能是代表着全新的一种人类未认识的动物（海栖爬虫类？）。
现在，人们都盼望在南纬43度53分，东经173度48分曾经打捞上怪兽尸体的地方，有一天会再现怪兽的踪影。或许它正是人们所期待的史前爬行动物。