被征服的印第安人在法律层面上被定义为“自由人”，不再是奴隶，能够以家庭为单位拥有一小块土地和房屋、牲畜，但是印第安人未经监护主允许不能随意离开自己的居住地或携带武器。
另外，印第安人还需要向监护主交纳一定的贡赋并服劳役。因为监护主向他们传播了天主教，如此才使原本是异教徒的印第安人变成了基督徒，得到了拯救灵魂并登上天堂的机会。所以印第安人需要对监护主表示“感谢”，必须承担许多义务，比如耕种土地、挖矿、打杂、交纳贡赋等。
所以事实上，委托监护制根本没有将印第安人变成自由人，大多数印第安人或是混血儿也没有公民权。委托监护制的目的是让印第安人更好地提供劳动力，同时也是为了能更安全地控制他们，使其无法反抗统治。
为了推行委托监护制和“保护”印第安人，西班牙朝廷给所有监护主的命令是不许虐待印第安人、不强迫他们劳动、给予其工资。
但事与愿违，实行委托监护制后，印第安人的生活还是非常悲惨，饱受压榨。监护主们根本不按照命令善待印第安人，他们肆意虐待印第安人，不将其看作是人类，而西班牙朝廷对监护主的管理非常粗糙，根本无法控制监护主，这使印第安人陷入了极为悲惨的处境：
“虽然法律对委托监护主为自己征税的数额有所限制，但实际上征收的数目是无法计算的。专权者搜刮他想要的一切东西，用尽他一切想用的办法，结果一个印第安人有时竟要缴纳二十次赋税，就是在这种情况下，他(印第安人)也不敢抱怨，因为很少可以得到伸张正义的机会。”
一些印第安人为监护主常年累月的工作，却只有微薄甚至于根本没有任何报酬，且还需要向监护主交纳沉重的贡赋。
监护主向印第安人征收贡赋的标准也非常不合理，监护主征税时会以早期人口普查数据为准，向印第安人社区征收实物税或钱税，但是其所用的人口数据却不准确。因为社区内的许多印第安人都已经死亡或逃离了，社区里根本没有那么多印第安人，却需要承受很大的经济负担。
一些西班牙殖民地的印第安人甚至每年要为监护主劳役300天以上，而官方的标准则是5-9个月。这使得许多印第安人连耕种土地、与妻子同居和生养孩子的时间都没有，使许多印第安人社区像遭受旱灾的玉米田一样快速枯萎灭绝。
印第安人的惨状甚至让一些西班牙人都不忍直视，一位名叫巴塞洛繆·德·拉斯·卡萨斯的西班牙教士对自己所见到的印第安人充满同情，勇敢地站了出来为印第安人辩护，用辛辣的语言揭露自己同胞奴役印第安人的罪过：
“他们(监护主)对这些印第安人所施的‘恩典’就是把男人送到矿上去采金，这是一种不堪忍受的繁重劳动。把妇女赶到农场里掘土种地，这种劳动即使对男人来说，也是极为繁重的。无论男女，只给他们一些野草和其它毫无营养的东西充饥，暴徒们……饿死印第安人的婴儿；在矿山上，男人们死于劳累和饥饿；在农场里，妇女们也因同样的原因而丧命。”
这些麻烦的产生，实际上是由于“委托监护制”本身的“委托”二字。这是一种代理人制度，而非中国历代所惯用的垂直管理。
高务实在南疆地区的做法就与这完全不同，南疆各国在实际上都有垂直管理体系。各国国王头上的实际管理者就是“京华顾问团”，而这各个顾问团又是直属于高务实本人的，他们最终的负责对象都是高务实本人。
而南疆各国下属的各级官员又是京华所任命，而且这一任命制度除了极个别地区(如岑黄两家等土司是因功世袭)之外，其余都是流官制——即不能世袭，全看上头指派。这就使得各地官员想要提升自己的地位只能“媚上”，也就是乖乖听京华的，听高务实的。完全做不到如西班牙殖民者和殖民政府那样对西班牙朝廷阳奉阴违。
西班牙殖民者和殖民政府阳奉阴违？是的，而且是真正的阳奉阴违。
印第安人数量持续下降，使得西班牙朝廷几次想改善印第安人的生活状态和质量，但都失败了。因为监护主们认为殖民地的所有土地都是自己出钱出力征服而来的，所以土地所有权和一切权益都应该归自己所有，而不是归王室所有。
故而，监护主们对委托监护制并不信服，也不严格遵守，他们常常将监护区域内的印第安人土地掠取到自己手中，将王室财产变成自己的财产。
然后，他们便驱使印第安人到矿场、河流和遥远深山中挖掘贵金属，肆意压榨印第安人，有时还贪墨、扣押印第安人交纳给西班牙朝廷的贡赋，或是以此作为要挟，向西班牙朝廷要求更多权利。比如期望将监护权保持终身，并世袭给自己的后裔等。
西班牙朝廷了解到殖民地的现象后，为了防止监护主无限制奴役印第安人，甚至是彻底灭绝印第安人，便不再容忍其拥有巨大权利。
在这种情况下，王室为此制定了一系列的法令和训令，采取恩威并用的办法，企图削减监护主的权利，以加强朝廷对殖民地和印第安人的统治。
但是很无奈的是，西班牙殖民地的官僚体系腐朽不堪，殖民地官员们纷纷贪污腐败，对重金贿赂他