然而，事情终究还是办成了，虽然无数人反对，无数人骂仗，郑贵妃还是变成了郑皇贵妃。
争得天翻地覆，该办的事还是办了，万历十四年三月，郑贵妃正式册封。这件事情的成功解决给万历留下了这样一个印象：自己想办的事情，是能够办成的。
这是一个悲剧性的判断。
然而此后，在册立太子的问题上，万历确实消停了——整整消停了四年多，当然，不闹事，不代表不挨骂。事实上，在这四年里，言官们非常尽责，他们找到了新的突破口——皇帝不上朝，并以此为契机，在雒于仁等模范先锋的带领下，继续奋勇前进。
但总体而言，小事不断，大事没有，安定团结的局面依旧。直到这历史性的一天：万历十八年（1590）正月初一。解决雒于仁事件后，申时行再次揭开了盖子：“臣等更有一事奏请。”
“皇长子今年已经九岁，朝廷内外都认为应册立为太子，希望陛下早日决定。”在万历看来，这件事比雒于仁的酒色财气疏更头疼，于是他接过了申时行刚刚用过的铁锹，接着和稀泥：
“这个我自然知道。我没有嫡子（即皇后的儿子），长幼有序，其实郑贵妃也多次让我册立长子，但现在长子年纪还小，身体也弱，等他身体强壮些后，我才放心啊。”
这段话说得很有水平，按照语文学来分析，大致有三层意思。第一层先说自己没有嫡子，是说我只能立长子，然后又讲长幼有序，是说我不会插队，但说来说去，就是不说要立谁。接着又把郑贵妃扯出来，搞此地无银三百两。最后语气一转，得出结论：虽然我只能立长子、不会插队，老婆也没有干涉此事，但考虑到儿子太小，身体太差，暂时还是别立了吧。这招糊弄别人可能还行，对付申时行就有点儿滑稽了，和了几十年稀泥，哪排得上你小子？
于是申先生将计就计，说了这样一句话：“皇长子已经九岁，应该出阁读书了，请陛下早日决定此事。”
这似乎是一件完全不相干的事情，但事实绝非如此，因为在明代，皇子出阁读书，就等于承认其为太子。申时行的用意非常明显：既然你不愿意封他为太子，那让他出，形式不重要，内容才是关键。
万历倒也不笨，他也不说不读书，只是强调人如果天资聪明，不读书也行。申时行马上反驳，说即使人再聪明，如果没有人教导，也是不能成才的。
就这样，两位仁兄从继承人问题到教育问题，你来我往，互不相让，闹到最后，万历烦了：
“我都知道了，先生你回去吧！”话说到这个份儿上，也只好回去了，申时行离开了宫殿，向自己家走去。然而，当他刚刚踏出宫门的时候，却听到了身后急促的脚步声。申时行转身，看见了一个太监，他带来了皇帝的谕令：“先不要走，我已经叫皇长子来了，先生你见一见吧。”
十几年后，当申时行在家撰写回忆录的时候，曾无数次提及这个不可思议的场景以及此后那奇特的一幕，终其一生，他也未能猜透万历的企图。
申时行不敢怠慢，即刻回到了宫中，在那里，他看见了万历和他的两个儿子，皇长子朱常洛，以及皇三子朱常洵。
但给他留下最深刻印象的，却并非这两个皇子，而是此时万历的表情。没有愤怒，没有狡黠，只有安详与平和。
他指着皇长子，对申时行说：“皇长子已经长大了，只是身体还有些弱。”
然后他又指着皇三子，说道：“皇三子已经五岁了。”接下来的，是一片沉默。
万历平静地看着申时行，一言不发，此时的他，不是一个酒色财气的昏庸之辈，不是一个暴跳如雷的使气之徒。
他是一个父亲，一个看着子女不断成长，无比欣慰的父亲。申时行知道机会来了，于是他打破了沉默：“皇长子年纪已经大了，应该出阁读书。”万历的心意似乎仍未改变：
“我已经指派内侍教他读书。”事到如今，只好豁出去了：
“皇上您在东宫的时候，才六岁，就已经读书了。皇长子此刻读书，已经晚了！”
万历的回答并不愤怒，却让人哭笑不得：“我五岁就已能读书！”
申时行知道，在他的一生中，可能再也找不到一个更好的机会，去劝服万历，于是他做出了一个惊人的举动。
他上前几步，未经许可，便径自走到了皇长子的面前，端详片刻，对万历由衷地说道：
“皇长子仪表非凡，必成大器，这是皇上的福分啊，希望陛下能够早定大计，朝廷幸甚！国家幸甚！”
万历十八年正月初一日，在愤怒、沟通、争执后，万历终于第一次露出了笑容。
万历微笑地点点头，对申时行说道：“这个我自然知道。其实郑贵妃也劝过我早立长子，以免外人猜疑，我没有嫡子，册立长子是迟早的事情啊。”这句和缓的话，让申时行感到了温暖，儿子出来了，好话也说了，虽然也讲几句什么郑贵妃支持，没有嫡子之类的屁话，但终究是表了态。形势大好，然而接下来，申时行却一言不发，行礼之后便退出了大殿。这正是他的绝顶聪明之处，点到即止，见好就收，今天先定调，后面再来。但他无论如何也想不到，这次和谐的对话，不但史无前例，而且后无来者。
“争国本”事件的严重性，将远远超出他的预料，因为决定此事最终走向的，既不是万历