山本详细交待了他杀害乙某和伪造自杀现场的经过。
早在佐藤警官重启对乙某寝室的调查之前，山本就穿着鞋套带着手套消去了废弃小屋中所有他存在过的痕迹，就连床单、被子和枕头都换了新的。
遗书也是提前模仿乙某的笔迹写好，山本和乙某“恩爱”十几年，乙某的一切他都烂熟于心，模仿乙某的笔迹不是难事。（前文中提到过遗书所用的纸张材质很厚，也是有原因的，下文会提到。）
至于行凶的过程和佐藤警官预料到的一样，他事先准备好四块木板（可以看成是四只巨大的木屐），先放在小屋中。
等佐藤警官安排人抓捕乙某的命令下达，他马上用两人联系专用的黑号打电话通知乙某，告诉乙某说警方很可能发现了“盒子”，让乙某马上来小屋集合一起出去避避风头，并要乙某路上不要接任何人电话，否则警方会定位他的动向。
乙某身为同性恋，和妻子感情不好平常都分居两地，恰好那天妻子来找他有点事情，山本并不知情，没有想到自己给乙某打电话的一幕被乙某妻子所看到。
（山本说到这里，也让佐藤警官明白了为什么乙某的死讯传到妻子耳朵里，妻子会那么淡定，或许她不知道乙某与山本的关系，但乙某身为同性恋她很可能知情，只是日本女人的温沉性格让她始终保持沉默。）
乙某接到电话后大惊失色，最快速度整理好几件衣物，驱车近一个小时赶到废弃小屋。
而山本早就从不远处的福利院赶到废弃小屋，手脚并用套上四块木板爬过泥泞的菜地，抵达了枯井边。
等乙某一到，山本就招呼乙某到井边来商议，当时的山本穿着鞋套带着手套，引起了乙某的怀疑，但山本的一个动作让他失去了警惕之心。
山本手里扬着一张折叠起来的纸（实际是写好的遗书），说上面有规划好的逃跑路线和计划，只要按照这个路线逃跑，就会有人接应，必然万无一失。
山本家是个尚未破落的豪族，有点后手再正常不过，乙某欣喜万分地走到井边来看山本手中的计划。
乙某的手机山本也用了一个理由拿了过来，说自己的手机没电了，想在逃跑之前给尚在外地读书的孩子发个报平安的信息，宽宽孩子的心。
山本父亲去世之后就只剩下儿子这一个血亲，平日里疼爱有加，逃跑之前发个信息联系下也是应有之意，乙某不疑有它，将手机交给山本，并接过了山本手中的纸张。
当时乙某的心思都集中在纸张上，想知道具体的逃跑计划，当他打开折叠的纸张，尚未看清楚写的是什么，纸张就被早有准备的山本抢过，随后一股大力袭来，毫无防备的乙某被推入了极深的枯井之中，头部撞击到井底的石板，一命呜呼！
为什么遗书上只有乙某的指纹？
是因为当时山本带着手套。
为什么现场发现的笔上有乙某的指纹而没有山本的指纹？
是因为这支笔本就放在小屋中，是乙某常用，山本买了一支同样的笔写下遗书，布置现场的时候带着手套将笔放在了遗书旁边。上面自然没有他的指纹。
为什么写遗书的纸张很厚？
是因为山本害怕抢夺中弄巧成拙被乙某撕下半边，如果用厚纸的话，趁乙某不备抢夺过来是很轻松的事情，而且也不会造成纸张撕裂。
之后山本依样画葫芦套上木板、手脚并用爬回废弃小屋，将信纸放置在桌子上，布置成畏罪自杀的现场，并携带好手机和木板离开了废弃小屋。
山本知道警方有可能会在发现乙某尸体后来自己家中调查，手机和木板自然不敢放到家里，于是将自己和乙某的手机扔到了半路上经过的一条小溪里。
而木板沉不下去，正好附近有一颗洒满落叶的大树，他便将木板埋在了落叶之中。
山本满以为自己这个计划天衣无缝，不可能会有人如此聪明能想到他的行凶手段，就算木板被发现也不会有人怀疑它的用处，却没有想到居然被火眼金睛的佐藤警官发现。
以上，就是山本变态人格形成的原因和杀害叶某的整个过程。
佐藤警官又询问山本现在福利院有多少男童被他们注射了“丙酸gāo_wán酮”。（注射“丙酸gāo_wán酮”导致性早熟是一个长期的过程，只注射一两支是不会有明显症状的，佐藤警官统计这个名单的目的，是为了对所以被注射过的孩童采取药物治疗。）
山本交待他亲自注射的不多，除了小岛和小川之外还有一个男孩子，年龄也是十岁，不过那个长得一般他兴趣不大上了后来也就放弃了，年仅七岁的浩二和另外两个年幼的男童应该是乙某注射的，因为乙某偏爱年纪小一点的男童。
交待完一切，山本嚎啕大哭，他自知数罪并罚，难逃一死。
山本说任何处理结果都接受，佐藤警官如果有什么安排他也会全力配合，唯一的要求就是佐藤警官说话算数，将案件私下审理，不要向媒体透露，更不要将此事告诉他尚在外地读书的儿子，或者换一个说话，不至于让他在儿子心目中的形象完全坍塌，也免得消息传扬出去让儿子被别人冷眼看待。
（以上佐藤警官和山本进行心理博弈，促使山本交待出真相的过程并不想我文中所说那么简单，实际上花费了近一天的时间。
一开始山本拼命抵赖，拒不承认，最终佐藤警官通过种种迹象发现