朱允炆对朱元璋的死是抱有愧疚的，虽然别人都不知道，因为朱元璋以六十九岁的年龄去世，不算折寿。可是朱允炆却清楚的记得洪武年号是有三十一年的，这说明因为他的莽撞，朱元璋早逝了一年半的时间。每每想起此事，朱允炆就心中隐隐作痛，不能自已。
朱元璋是洪武二十九年十一月十三逝世，朱允炆亲自在乾清宫守了七天，才亲自服侍朱元璋入殓，然后将朱元璋的梓宫移入仁智殿停灵二十九日，代表了朱元璋称帝的二十九年。在此期间，朱允炆除了处理朝政之外的所有时间都待在朱元璋的梓宫前，他第一次感到了无依无靠的感觉，之前总是觉得朱元璋压制了他，让他不敢做事情，不敢表现，可是到现在才发现，朱元璋保护了他，让他不用担心各位叔王的叛乱问题，可以安心的做事情，但如今，无论做任何事情，都必须考虑诸王的反应，做起事情来恐怕还没有以前那么得心应手。他经常屏退众人，在朱元璋面前默默祷告，希望朱元璋能到自己的梦里来，告诉自己怎么做，毕竟自己的灵魂里就有后世的记忆，那么朱元璋的记忆应该也可以来，可是，最终什么都没有。
洪武二十九年十二月十九日，朱元璋的梓宫从仁智殿出发，经午门、端门、承天门、洪武门、正阳门出发前往孝陵，朱允炆亲自扶棺，前呼后拥，哭声震天地，白花遍原野，迤逦数十里，最后才到达孝陵。到孝陵的路曾经用水泥重修了一遍，所以礼部、工部只是简单整修了一下，符合御路的标准即可。文武百官、在京皇族、皇太后吕氏、皇后马慧及皇太子朱文奎都随行祭拜。
礼部制定的规则非常的复杂，朱允炆只是根据礼仪官的指引行事，常常被搞得头昏脑涨。随着孝陵闭门的闸门落下，朱允炆突然感觉心里空落落的，对着墓门长跪不起，泣不成声，后面的马慧也带着朱文奎一起下跪，身后是宗室，再往后是文武百官......
虽然钦天监说下葬这一天是晴天，但是当朱允炆抱着朱元璋的神主牌走在回京的道路上时，天上却飘起了雪花，落在朱允炆为首的送葬队伍上，似乎天地也在为这位伟大的君主的逝去而落泪，人群中也不时的传出啜泣之声，泪水和雪花融合在一起，落在这一片被雪覆盖的苍茫大地上......
朱允炆接受了礼部拟定的年号“建文”，这是命中注定的，也是他希望的，对于中国这么庞大的国家，尚武是需要的，但不能成为主流。从世界来看，十五世纪之后，世界各国进入了飞速发展的时代，武勇终究被热兵器取代，国民富裕、科技发展逐渐变为主流。既然我来到了这个世界上，那么起码可以让华夏民族走上正确的道路。朱允炆的心中暗暗决定。
为表达心中的愧疚和哀思，朱允炆决定服三月斩衰之服，之后行素服，三年为止。礼部任亨泰、郑沂等人劝说无效，最后不得不服从，黄子澄、方孝孺、解缙倒是非常赞同，也和朱允炆保持同一步调。
服丧期间，为了正常处理政事，朱允炆挑选刘三吾、解缙、黄子澄等人入值文渊阁，参预机务，他们会把处理意见写在纸上，供朱允炆审阅。
方孝孺在翰林院任文学博士，同时兼领国子监祭酒，负责在全国推广汉语拼音的教学，至于他提出的修改官制、官名以及恢复井田等一概搁置。练子宁擢升都察院左都御史，负责监察百官。
考虑到边疆苦寒，对大宁、开平、绥远的军户月俸增加半石，三卫中独子者放归为民。同样增加马军的俸禄，月俸增加半石。
诏命修建大宁--广宁和开平--喜峰口的水泥路，由杨文、王弼、郭英负责，调集北平都司、大宁都司、辽东都司的士兵修筑。
对军队方面，张铁等人进入内城统领禁卫军，同时朱允炆将上十二卫的军官和太孙护卫军的军官进行了对调，最后将太孙护卫军编入皇帝直属军队亲军，分别龙骧左卫、龙骧右卫和龙骧前卫，其中龙骧前卫由宋瑄统辖，仍然留在绥远，龙骧左卫指挥使为张伦，龙骧右卫指挥使为田玉书。所以皇帝亲军由朱元璋时的十二卫增加到朱允炆时的十五卫。
原太孙护卫军都指挥使盛庸，调任济南，任山东都司都指挥使。
开国公常升建设完直沽城后，回到京师，继续在右军都督府任职。直沽城由武定侯之子、朱允炆的武学伴读郭玥负责，其中直沽左卫有一个千户，叫邵云，直沽右卫有一个千户，叫谭远。
王度离开绥远之后，其统领的参谋处留在了绥远，帮助徐辉祖进行了不少推演。如今绥远稳定下来之后，朱允炆将这些参谋调入武英殿，成立了一个新部门，叫参谋处，负责战役推演，负责人是被任命为武英殿大学士的王度。
其他诸事都依洪武旧制，官员、官制都没有做任何变动。
朱允炆在服丧期间，一直在等一个人来，可惜，他最终没有来。
朱允炆派人去各地传达朱元璋的遗诏时，虽然诏书中说了不许诸王奔丧，但却没有令人刻意阻拦，可是本该奔丧的燕王朱棣却选择了服从，这让朱允炆有些无奈，如果他来了，朱允炆就会以奖励其孝心为名将其留在京师，改封为吴王，封地在杭州，这将是一个皆大欢喜的结局。
其实朱棣接到遗诏时，当即就要出发，道衍却不同意，苦苦劝说，理由也是害怕朱棣被趁势留在京师，如此大势去矣。但朱棣考虑过之后