由于阿蒙霍特普四世的宗教改革在古埃及历史上的特殊地位，以及其一神教的独特性质，引起了许多研究者对这位法老的精神状态和相关历史事实的强烈兴趣。特别是，阿吞信仰是已知明确的历史上第一种一神教，这无疑刺激了许多人去寻找它与后来出现于中东的几种一神教——犹太教、基督教和******教的关系。他们提出了许多有趣的理论，然而这些理论很少有什么说服力。
最有意思的理论之一来自于精神分析学派的创始人、奥地利心理学家弗洛伊德。弗洛伊德根据摩西的名字与埃及许多法老名字中“摩斯”音节相近这一点，得出了非常惊人的结论：摩西是埃及人，而且与阿蒙霍特普四世存在某种关系。实际上，“摩斯”在古埃及语里有“儿子”之意，往往跟在某位神灵的名字后面构成人名（如图特摩斯）。
弗洛伊德推断，保存在旧约中的摩西的名字是不完整的，其原始形式很可能是“阿顿摩斯”。因为摩西是严格的一神教犹太教的创始人，而他在埃及唯一可能接触到的一神教就是阿蒙霍泰卜四世推行的阿吞信仰。
弗洛伊德继续推测，摩西可能是忠于阿蒙霍泰卜四世的新宗教的官员，甚至可能是法老的儿子！无论如何，后来在阿马尔奈所出土的铭文当中的《阿吞颂词》，发现这段颂扬唯一真神“阿吞”的内容与描述方式，与流传至今的圣经诗篇第104节十分相近。这引起许多学者将阿蒙霍泰卜四世的宗教与早期犹太教的联系，作出许多可能的假设。
古埃及全国虽有一个主神，但各地还有五花八门的低一级的地方神。你崇拜你的，我崇拜我的，井水不犯河水，一个地方一个样儿，或几个样儿。许多崇拜对象对今天的人来说都似乎不可理解。比如一副弓箭，某件木制的雕刻制品，某种石头都能成为圣物。至于土地、河流、雨水、泉水、雷、电，则更使他们顶礼膜拜。此外，许多鸟兽昆虫也是崇拜偶像，简直无处没有神。
阿蒙霍泰卜四世在全国推行新神取缔旧神的同时，靠行政命令将千百年来古埃及人崇拜的其它的神一扫而光。这一措施令习惯阿蒙神和地方神的埃及人十分奇怪：“这是怎么回事？怎么好端端的阿蒙神不让拜了？我们自己的神也不让拜了？”
一时间不知内情的百姓都有一种大难临头的感觉：“国家安宁了不少日子，看来又要出大乱子。于是富人忙着藏匿私人财产，迁到乡间避祸。
僧侣们如热锅上的蚂蚁，上窜下跳，企图影响阿蒙霍泰卜四世的决策。宫廷内部也不安宁。王族成员和一些高级僧侣们便请已经退位的老法老阿蒙霍泰卜三世和老王后提伊劝劝阿蒙霍泰卜四世。
老法老和老王后知道儿子不会听他们的话，但又担心国家因此出现战乱，于是趁一天晚上阿蒙霍泰卜四世向他们请安时对他说：“儿啊，做事情不可走极端。我这辈子承蒙阿蒙神照顾，国家太平、祥和。你一下子改弦易辙，如此对待阿蒙神和他的仆人，不仅得罪神，还会触怒许多人。不如现在便收回成命，放弃树立阿吞神的打算，化动为静，恢复国内的平和。”
阿蒙霍泰卜四世听罢皱起眉头，说：“父亲，近日来我已听到许多谣言，也有背后骂我咒我的人，蠢蠢欲动的人，我已命军队严加防范。现在你们来劝诫我。我知道您与他们不同，是担心我把事情搞糟。您所说的道理我也明白。但阿蒙神庙的僧侣势力太大，经常干预朝政，现在他们更加嚣张，诽谤君主，煽动百姓，若不采取果断措施，将来一定要酿成大祸，不如早早快刀斩乱麻，废除阿蒙神，只尊阿吞神，才能使江山稳固。”
老法老说：“你的意见虽好，但僧侣为朝廷诚心服务多年，阿蒙神也为百姓崇拜多年，你要是变教，连我和你母亲都难以理解，何以说服天下？我劝你还是三思后行才好。”
阿蒙霍泰卜四世回答说：“父亲，我决心已定，决不会更改。我知道阿蒙神是底比斯的保护神，可谓根深蒂固。阿蒙神庙僧侣及其家人关系盘根错节，牵三挂四，使我政令难以实行。我想好对策，将首都迁往中部，一则避开阿蒙神庙僧侣的纠缠，二则便于管理上下埃及和亚洲行省。至于百姓一时不解，那只是时间问题，他们迟早会习惯新神的。”
老法老一听忙摇头，说道：“万万不可。迁都是国家的一件大事，不能轻率决定。即使你这么做，我和你母亲也不会挪动。我们老了，你已长大成人，父亲的话可以不听，但你要知道，我们都是为你好才这样说的。我们还要说，你不能这样过激。”
阿蒙霍泰卜四世说：“父母亲的话我记住了，您放心。”回到宫里，阿蒙霍泰卜四世闷闷不乐，王后奈费尔提蒂问他为什么这样不高兴，他便把老法老和王后劝他的事情说了，奈费尔提蒂王后想了一下，便对阿蒙霍泰卜四世说：“如果这样，我劝陛下还是暂缓行事吧”。
阿蒙霍泰卜四世说：“僧侣的反对是意料之中的，但对我的行动如此不满却没想到。收回成命，他们自然满意，但我自己的面子、权威却在天下人面前丢尽了。况且僧侣们也未必就此罢休，他们心里藐视我的懦弱。既为一国之君，就需言必行，行必果。我得罪了阿蒙神的僧侣就得罪到底，但同时也取得了阿吞神僧侣的赞同，有得必有失。而且以霍伦海布为首的一批将领已经向