其二，他就是前法老埃赫阿吞的亲生儿子。有一些研究者认为，由于王后一直没有生下儿子，阿肯那吞为了王室血统的纯洁，便和别的女人生下了图坦卡蒙。甚至还有人认为，这个女人很可能就是埃赫阿吞已经长成的女儿之一。因此，图坦卡蒙迎娶的，甚至可能是自己同父异母的亲姐妹或自己的亲阿姨。
这件发生在约3000年前的宫廷秘事的真相究竟是怎样的，至今仍是众说纷纭，没能定论。如果可以对这些木乃伊做dna测试的话，或许这个问题就可以迎刃而解了。
2008年，埃及考古学家扎西·哈瓦斯（zahihawass）开始对图坦卡蒙身世进行研究，他希望从相关木乃伊上提取dna，来弄清这位少年法老的身世及其过早离世的原因。
扎西·哈瓦斯的团队利用dna检测技术对图坦卡蒙本人以及长期以来一直被疑为其近亲的10具十八王朝王室五代族谱。通过调查y染色体中的共享序列，辨别出图坦卡蒙的男性祖先群；再通过找寻特定男女（夫妇）的dna混合迹象，从而确定木乃伊之间的直系亲属关系。dna检测证明，阿蒙霍特普三世是图坦卡蒙的祖父。
dna检测还初步显示，随葬图坦卡蒙的两个流产胎儿其实是他和妻子安荷森纳蒙ankun王后所生的女儿。1932年经解剖学家确认，其中一名女婴在母亲子宫内5个月便夭折了。一具被叫做“老妇人”的木乃伊经dna检测证明是提伊王后，即图坦卡蒙的祖母、阿蒙霍特普三世的妻子。另一具被叫做“年轻女士”的木乃伊则是图坦卡蒙的生母。过去曾认为图坦卡蒙的母亲是阿蒙普特四世的王后奈费尔提蒂，后者以一座偶像般的胸像而闻名。但dna研究证实，图坦卡蒙的生母琪雅也是阿蒙霍特普三世和提伊王后亲生，是埃赫阿吞的亲妹妹，即图坦卡蒙是亲生兄妹所生。
所以图坦卡蒙的父亲是埃赫阿吞，而母亲并不是王后奈费尔提缔，而是埃赫阿吞的妃子、亲妹妹琪雅（kiya）。但在图坦卡蒙幼年时，琪雅已经去世。由王后奈费尔提蒂抚养。
奈费尔提蒂十分喜爱他，视如己出，并将自己和埃赫阿吞的三女儿安荷森纳蒙ankun许配给图坦卡蒙。虽然图坦卡蒙和安荷森纳蒙是异母姊弟，但是两人却是彼此深爱着对方，感情很好，婚姻也很幸福，唯一美中不足的是安荷森纳蒙因难产而不幸地失去了他们的孩子。
图坦卡蒙在埃赫塔吞（现名叫阿马尔奈telel-a1368年，图坦卡蒙随奈费尔提蒂一起离开埃赫塔吞，到达底比斯，奈费尔提蒂改名斯蒙卡拉，自任法老。以底比斯和埃赫塔吞为中心的两个政府同时出现。
bc1367年，埃赫阿吞在瘟疫中病死。以埃赫塔吞为中心的政府解散。
bc1365年，埃赫阿吞与王后奈费尔提蒂（斯蒙卡拉）的儿子图坦卡吞继承了埃及王位，是埃及第十八王朝的第十二任法老。此时图坦卡吞年仅9岁，以底比斯为都。
埃赫阿吞的宗教改革，沉重打击了宗教势力，但埃赫阿吞冒进的改革深深触动了旧势力的权益，在埃赫阿吞统治时期整个国家上下都处于****之中。
图坦卡蒙即位后，因为年龄太小，他并没有实权。这个时期真正掌权的是下面几位：其祖母阿蒙霍泰卜三世的妻子、埃赫阿吞的母亲提伊（tiy）；法老的宰相(上埃及维齐尔）阿伊；大将军霍伦海布；财务官玛雅（maya）；努比亚总督胡依（in）；还有两位维齐尔，名叫尤斯蒙斯（uju）。
在宗教人士的怂恿下，也可能由提伊等实际掌握政权的人的干预下进行了旧教复辟，重新树立阿蒙神成为众神之首，恢复了曾经被埃赫阿吞关闭的供奉埃及传统诸神的神庙，为阿蒙神庙僧侣彻底平反，归还庙宇财产，由国库对一些被处死的僧侣的家属和致残的僧侣进行赔偿。并正式将首都迁回底比斯，并以之为埃及的宗教中心。埃赫塔吞城不再作为都城。
图坦卡蒙的名字也由图坦卡吞（阿吞神的形象）改为图坦卡蒙（阿蒙神的形象），说明他的思想从崇拜阿吞神向崇拜阿蒙神转变。同时他的父亲埃赫阿吞被宣布为“罪人”，他的名字应该从所有人的记忆中抹去，所以“埃赫阿吞”的字样都要从建筑物上被清除。
不久，其就在阿蒙信徒的支持下真正掌握法老应该享有的一切权威。
图坦卡蒙这位少年法老在卢克索神庙留下了自己的印记，他负责继续修建阿蒙霍特普三世修建的围绕在大柱廊周围的宫廷城墙，他还为卡纳克建造了一座美丽的司芬克斯像。
图坦卡蒙战车是图坦卡蒙时期使用的一种能在沙丘上高速驰骋的车子，它是当时的超级战车，涉及到的专业理论基础包括轮子、车轮毂、轴承和车身及牛轭之间的设计，标志着图坦卡蒙时代的埃及战车工匠的工程学技艺已经达到了惊人的水平。
埃赫阿吞改革使得埃及未曾关注对外战争，因而一些西亚叙利亚和巴勒斯坦附属地开始独立，倒向赫梯。
一些古墓场景显示出图坦卡蒙是一位军事统帅，并领导了与赫梯在叙利亚和巴勒斯坦地区的战争，尽管他很可能没有参加实际战斗。主要指挥将领为大将军霍伦海布。其曾在叙利亚向赫梯人发起进攻，并且打了几场胜仗。赫梯人此前曾经因为埃赫阿吞对外交采取放任的政策，而趁机夺取了叙利亚地区很多领地，甚至进入过巴勒斯坦。