这次圣城之行，也让林有意识到了与对手的巨大差距，原来是在玄境强者上的差距。潇湘宗原有约二十人是玄境，这次在疏桐国殒命两个，至少还有十八人。按照他们的宗门体量，过几年又能恢复到全盛时期。现在，随着傅竟的身陨，圣斗士上的差距无疑是致命的。
因为琴台宗遭遇截杀，他们也向教廷进行了控诉，教皇闻讯下教令对这般恶行进行了严厉谴责。但毕竟是发生在广楚和疏桐国的行为，并不在圣斗城，教廷能做的也有限。虽然有琴台宗的指控，但广楚帝国是全盘否认，至于潇湘宗，他们本就与琴台是死仇，教廷也不能过多干涉他国宗门事物，只能警告萧炎不要再生事端。
瓯越帝国也遣人向广楚和疏桐国表达了不满，并开始在西南和西北陈兵以壮声势。广楚帝国对瓯越进行了冷处理，不予回应，只加强了边境的兵力布置，对于截杀一事是打死不认。而疏桐国则是赶忙撤去了对琴台宗人的通缉，而后又派使臣向瓯越帝国解释自己身不由己，并送上厚礼以表诚意，此事才算告一段落。
大陆宗门中，五云门虽然想为琴台出头，但考虑到宗门间的利害关系，也只是对恶行进行谴责，没有指名道姓地指责潇湘宗。宗门这份不痛不痒的谴责，让南宫一家在小院中着实是跳了好几天的脚，当年他们袭杀旧琴台是这样，现如今五云的态度还是如此，这不能不让南宫一家失望。香叶宗自诩为大陆第一宗门，按理也要为受害的宗门出头，就像当年琴台被灭一样，他们也是站出来不痛不痒地朝天骂了几句，跟放屁没什么区别。果然自己的事，外人终究是靠不住！
现在的情势，广楚或者潇湘轻易不敢越境杀人，他琴台宗能躲在瓯越以求自保，不过这并非长久之计。
于是，林有做了三件事。首先是厚葬傅竟、陈姣和陈小东，傅竟尸身不存，只以衣冠建冢，并带领众琴台弟子公祭这次死难的琴台壮士。陈姣几人下葬的那日，戴明、傅明、小星、小月和小尘都是哭成了泪人，凌云的脸上也是全程挂满泪水。穆紫嫣也是被抬着去了现场，送了姐妹最后一程。林有想哭，但他不能，他要化悲痛为力量，要带领琴台众人蛰伏潜修，重振宗门。接着，他又开始安排起了琴台宗的人事。因为首义、玉渊和玉翠三堂堂主身陨，他在三堂分别拔擢了三名化境修为的资深弟子暂摄副堂主。之后，他取来了许多封印宝藏中可供修炼的晶石丹药，命各堂分发了下去，以期助益门人提升修为。最后是广发告示，打算以封印宝藏里的金银为支撑，重金招揽弟子，不惜代价要为琴台宗打造一批高阶斗士，这些人才是超级宗门的基石所在，也是日后他与潇湘对决的资本，必须早做筹谋。
穆紫嫣的伤势很重，林有虽然每日给她调养，但却难见好转，他本想将神斗经传授与她，希望以神斗经的逆天之能修复她的伤势。但这神斗经只传有缘人，穆紫嫣又如何能看见那金色蝌蚪文？光凭林有的解说根本无法理解，所以也是一筹莫展。或许，只能再次去圣斗城求教皇医治，但好不容易才从圣城逃回，短期内这根本不现实。思来想去，林有也只能延请斗士名医，乃至瓯越宫中太医前来医治。折腾了三月，总算是让穆紫嫣那虚弱的身躯恢复了一点气色。虽然恢复很慢，但有进步总归是好事。大约又半年多，紫嫣总算是能下地行走了。
这近一年中，琴台宗的整体实力也在慢慢恢复。这戴明发誓要为陈姣报仇，在这一年中日日苦修，用心参悟圣斗经，魂力竟神奇地达到了65级。重赏之下，琴台宗也来了不少化境虚境的高手。经过林有戴明等人的层层考察，拔擢了三个虚境斗士充任首义、玉渊和玉翠三堂堂主，其余人都编入各堂。而六堂中，独孤语晨也是虚境高手，上官浩已经化境59级，傅明也早就迈入资深化境。张小宝和戴雨农也已突破了化境，小宝被拔擢为旧宗堂副堂主，雨农则被安排在上官浩的玉笔堂担任副堂主。根据积功表现，傅明也推荐了自己的一个副堂主。这样，琴台宗六堂堂主的实力反而比起之前更强了。
接下来，林有将琴台日常事务付托给了明戴和王良，自己再次入后山苦修。他要尽快参悟全部的神斗经，激发自身剩余的圣斗士魂力，尽快提升修为。这些年，他在神斗经的加持下，已经渐渐吸收了爷爷留下的大部分魂力，但还有些残余需要再融合消化。另外，他的神斗经还有三分之一左右仍是空白，他需要尽快参悟。
这样，他再一次进入后山。这一次，亲历的惨痛更坚定了他复仇的决心，让他定身在后山，片刻不曾离去。在那处洞府中，他看着日升又日落，云卷又云舒，看着春花开了又谢，夏雨停了又下，秋月圆了又缺，冬雪来了又走，看着光影不断变化，时空不停流转，他在心底里感受着天地间，苍茫下，人世中，一人一洞，一心一念，他与时空那头的他，度过了一季又一季，一年又一年。抛却俗世杂念，建立修真意念，走向大成圆满，直冲圣境境界，这是他的进阶之路，虽然路还长，但他意念坚定，再难走的路，也要走下去……
就这样，整整过去了五年，他利用神斗经吸收了圣斗士爷爷留下的全部魂力，修为也一升再升，终于是达到了玄境73级的境界。
而这五年间，穆紫嫣终于是康复了，只是她的修为根基遭到破坏，