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而申时行提到了郑国泰一干人等的嘉奖问题，也正是因为他看透了一点，就是张鲸等人想要绑架朝廷勋贵集团来为自己的这次失职有所掩盖。所以他才轻飘飘的一句，朝廷有专门堪合功劳的部门可以进行评功，把给郑国泰等人的评功权利和奖赏接了过来，不让你们这几位强力职权部门的头头们绑架他人减低自己的罪责举动。而在谈话之中只字不提四个职能部门的所谓剿匪功劳，而只是强调案件本身的问题，以及案件后续应该有的动作。这里面隐隐又指出四位官员在处理案件上面已经失职了，因为既然发现了朝廷制式的兵器，为什么不立即派人控制京城几大武库的相关责任人和官员，是不是你们和这些人也有猫腻，是不是也牵连在里面去了。如果说五城兵马司和顺天府尹还需要请旨，哪你东厂同锦衣卫本身就有预审权，能够先审后奏，为什么这下到有些束手束脚的不敢作为，这就很让人怀疑东厂同锦衣卫到底为什么会这样做，是想不到，还是有其他原因呢。
更深层次的原因在于大明朝京城的物资管理制度。要知道大明朝京城的仓库分为两种，一种是朝廷公有，比如京师武库，通州太仓之类的仓库，这类仓库管理严格，是属于交叉管理，不但兵部、户部、工部三个部门都要对它进行定时抽查，要说米粮之类的东西外流这有可能，毕竟这东西有个损耗，或是掺点沙子也能够掩盖下来，但是兵器军械之类的物资在层层督察之下，绝不可能从里面流走。
而另外一类则是宫廷特有，比如内府供用库、司钥库、承运库、广盈库、广惠库、广积库、赃罚库，内廷武库，这些都是内廷自行掌管，只是在户部挂个名字，廷臣没有丝毫干涉的权利，也没有监督使用的权利，更没有查账的义务和制度。所以这些仓库的管理缺失了监督，必然导致其中黑幕重重，里面的账本往往就是一笔彻头彻尾的糊涂账。上一任的黑洞留到下一任，下一任的黑洞转到下下任，百多年来，极大库房中的账目恐怕就算是最精明的帐花子来计算也是排算不清的。当然也正是因为有了这些仓库，财物；明代的宦官才能自成体系，俨然中央政府中的政府，把手伸向四面八方，像蚂蚁一样爬满从中央王朝到地方重要权力机构的大小山头吸取着各种养分壮大自己的势力。而这一切的一切，按照申时行的推测，武器的流出必然是出于内廷武库。这也是为什么申时行想要伸手要过办案权利的原因之一，如果能从这些库藏里面斩断太监的财力来源的一个方面，清查内库物资的数量，既能够大大削弱太监的权利，又能够从中对朝廷财政有所补益，合二为一，申时行怎么能不借力打力。
当然作为首辅，宦海多年的申时行是不可能明确提出自己的观点，但是里面流露出的意味就能让有心人品味半天，也许这就所谓的领导话语的艺术性吧，申时行用的就是一种避重就轻，暗设圈套是官场常用手段。中国的官场斗争，政治哲学从古至今都是一门很深的学问，圈内的相关之人说话办事都有其一套完整的体系思想，你要不是深入其中能够有所接触，作为普罗大众的我们是无法理解官场上的人的说话、办事的行为方式和模式的，也许这也是权利所赋予官员们特有的一种文化吧，让他们含蓄中带着杀机，往往不声不响就把一个人，一件事置身于水火之中，灾难之下，生死难料。
坐在龙椅上面的万历帝，暗地里悄悄的把身下的双腿来回转换了一下，按照皇帝的礼仪，他这么做就是失仪，要是被言官见到劝谏的奏章淹没龙案都并不出奇。在万历帝看来身下这张椅子其实并不舒服，它应该算是天下最难坐的椅凳，没有之一，只有唯一，做在上面要庄重，要摆出一副高高在上的摸样，从他的心里面来说早就讨厌了这种方式，他更愿意去花园中一边游玩散步，一边同朝臣讨论国家大事，可惜这不是他愿意就可以的，朝臣们更愿意的是这种规矩方正的模式。耳边听着案情的大略，此刻实际上万历帝的心里面还有些飘忽，昨天与郑贵妃玩的游戏太有趣了，比这些所谓的政事要有趣八百倍，原本今天他还要去接着玩耍，可惜就有了这宗突发的弥天大案，由于案件的情节相当严重，有可能危及到大明王朝的统治地位和朱家的江山，因此他不得不关注一二。
万历从八岁开始参与朝政，也就是说从小就开始接触政治，天天他生活的全部就是斗争，别看只有二十岁的年纪，但是经过这么多年的政治教育，和精英培训他又怎么能听不出申时行嘴里面的话语的涵义呢，只是作为一个皇帝，帝国最后的掌权者，是不能轻易流露出自己的态度，让臣下有所察觉，他还要观察，还要体味，所以万历帝没有评论申时行的这番话，而是转头又看向了其他几位大学士。
许国刚想开声表明自己的态度，没成想王锡爵抢先站出来开声说话道：“陛下，这件事情刚才申阁老所言极为有道理，我们必须要予以提高警惕，我也认同申首辅的意见，这件事情是在挑战我们朝廷的权威，不剿灭这番匪徒不足以平民愤，泄朝中大臣们心中的怨气。万幸的事，当事情发生的时候，东厂、锦衣卫、五城兵马司还有顺天府的一干力量及时赶到，积极应对，不但当场击毙匪徒千人之众，而且杀死匪首