某个研究所遗址的旁边，停着一辆前头被压扁的黄色跑车。
跑车旁，站着一个本来不应该出现于此的少年。他的皮肤很白，眼睛是血红色，他就是身为学园都市最强lv5超能力者，一方通行。
他将惨白的右手放在一个脸色通红的栗发小女孩的额头上，如果是从前，他所作的就是用他的能力‘矢量操作’，让手底下的家伙血液跟身体电流逆转。但是.......
现在的他却在用以前只能用来杀戮的能力，全力消灭着小女孩脑袋中被植入的病毒。
这个小鬼头昨晚开始出现在自己的身边，她的名字是最后之作（御坂20001），明明是被自己杀死将近一万人的‘御坂妹妹’之一，却大摇大摆地出现在自己这个杀人魔王的附近，像牛皮糖一样地黏着自己，尽说些让人莫名其妙的话。一方通行打从心底里，不知道她到底想做什么。
在家庭餐馆丢下这个累赘，一方通行从研究员之一的芳川桔梗处，意外得知了这个小女孩身上被研究员天井亚雄输入病毒程序的危机。随后一方通行就这么鬼迷心窍地赶来救助，就算不清楚自己的行动？
是准备作一个好人？是想要得到救赎？那种东西无所谓的......
现在的一方通行唯一想到的，就是拯救眼前的这个女孩！
研究所的旁边，其中一座大概四、五十层的高楼，平时鲜有人至的天台，此时却隐约有着几个身影。
“.......事情的经过大概就是这样的，我也是侥幸在追踪中，恰巧捕捉到那场实验负责人之一的天井亚雄，并且注意到他可疑的行径，才顺藤摸瓜地发现了御坂妹妹的踪迹。”穿着性感迷你浴衣的忍者小郭，恭敬地将自己收集到的信息向身前的人汇报着。
小郭身前站着的是穿着常盘台校服的芙拉，以及今天下午刚领到同样校服的莎夏。莎夏仍旧是一言不发地站在芙拉的背后，比起耀眼的黑发少女，金发女孩好像十分没有存在感。再加上她长长的浏海，几乎没有人能看透她此刻的情感。
“辛苦了，最近两次侦查小郭都帮大忙了，回来给你奖励哦。”芙拉微笑着抚摸小郭的脑袋，“接下来的事情就交给我们吧。”
芙拉放开了脸蛋略微红润的小郭，站到了大楼的边缘。
没有任何言语上的沟通，莎夏走到了自家主人的身旁，踮起脚尖，搂住芙拉的纤腰，随后毫无预兆地从大楼跳下。
小郭单膝跪地，右手抚胸说道：“祝您武运昌盛，芙拉大人。”
“经由路径k的程式码全部转换为黄色波形分割为点v2、h5、y0分割程式码201为程式码，202至程式码205波形种类登陆为红色建构路径g连接区域c、d、h、i，分歧至点f7、r2、z0……”
一方通行看着最后之作腿上摆着的笔记本电脑屏幕上，病毒造成的警告视窗越来越少，最后之作的体征渐渐趋向安定，他正准备松口气。
就在这时。
奇怪的声音传人了一方通行的耳中，他抬起头来，看见原本因被驾驶座车门夹中而昏厥的天井亚雄，竟然拿着手枪指着自己。
“别……妨碍……我……”眼中布满血丝的天井亚雄发出呻吟。
剩下的程式码数量为两万三千八百九十一。还不能放手。如果让零星残存的程式码造成程式错误，最后之作的脑袋可能将因而毁损。
可如果放任不管，现在的一方通行没有多余的力量进行「反射」，手枪子弹绝对会打中自己。面对这个状况，一方通行陷入经退两难的困境。
只要抽开手，不管最后之作，他就是最强的，即便是核弹也无法对他造成伤害。
警告视窗只剩下九个
可是......不可能拿开的。
天井看着仍然没有撤手的一方通行，竭斯底里地喊道：“别......妨......碍啊啊！”他将手指挂在扳机上。
嘭！
枪声响了，可是一方通行没有受伤。受伤的是天井，他的手臂被突然打中，手枪也脱手而出。
“啊啊！”天井捂着血流不止的伤口，发出惨叫。
“稍微天真了点呢。”
这是一个一方通行似曾相识的少女的声音，记忆深处的某些东西迅速上涌。
他将手从最后之作的额头上移开，屏幕上最后一个警告窗口消失，恢复正常呼吸的小女孩，闭着眼睛说：“error.breakcodeno000001tono357081.因不正确的处理程序，上级命令文遭到中断。编号二〇〇〇一号将依照正常程序重新苏醒。”
没有时间去留恋手上渐渐散去的温暖。一方通行看向枪击的方向。
道路中央站着两个不知何时出现的少女，其中之一是不认识的文静金发少女，她美丽得如同精致的洋娃娃。但一方通行的注意力全放在另一位黑发少女身上，她的手上握着银白的沙鹰，12.7的枪口正冒出袅袅白烟。
“净世黑炎！”一方通行从嘴里吼出这个难以忘怀的名字，“为什么你会在这里！”
芙拉温柔地看向最后之作，“当然是因为这孩子了，不过现在看来是没有事了。”。
她将视线落在天井的脸上，打着招呼，“哟，你就是天井亚雄吧？”
刚刚还处于惶恐不安状态的天井，被芙拉一句简单的话语，吓得在地上连连后退，“哇啊！净世黑炎！”
“嘿？你也听说过我的名字啊。”
天井心中惊恐不已，他怎么会不知道‘净世黑炎’，突然出现在学园都市