木叶43年。
天色暗了，有旭日将之点亮。可若是人心暗了，该由什么去引导？
木叶的某处基地中，二十年间，愈加趋向于黑暗，丧失人性。根之忍者，没有名字，没有感情。只知服从命令，宛若丧尸走肉一般，纯机器属性，可怜而又可恨！
距离第二次忍战，已有四五年。在整个忍者都趋向于和平时，有一个人在此期间，行走于黑暗之中，行那黑暗冷血与不可告人之事之人——
志村团藏！
三代目猿飞日斩年轻时候的同伴与友人，彼此有着很深的羁绊。用现代的言语来形容的话，两人基情四溢，情到深处，你侬我侬。志村团藏在竞争火影之位失败后，借助着猿飞日斩的愧疚心理，怀着对木叶火影之位的野心组建了根之暗部。
任何组织初建之时，总是不那么顺利。志村团藏的“根”组织，历程很艰辛来的。有了火影暗部的珠玉在前，村子里谁还进入籍籍无名的“根”部？
于是，优秀的忍者都纷纷以进入暗部为荣。“根”部所能吸纳的，只有忍者天赋低下的一群人。且年纪大了，性格方面所能改变的甚少，所以根组织第一代人是失败的。不止如此，在未来的二十余年中，经历了十余代人，新旧替换，仍旧是失败的。
在这个漫长的岁月中，志村团藏终于总结出了一套属于并适合自己的真理——
隐藏、蛰伏、唾弃、鲜血、罪孽、人性……
木叶，延展向温暖的阳光之处；树根，深入黑暗的泥土之中。火影之位既然已经遥遥不可及了，那么便当一个隐藏于黑暗与幕后之人。扼杀一切影响木叶和平之人，对于木叶有威胁之人。哪怕成为双手沾满鲜血的、被人憎恶的屠夫，亦在所不惜！
至根组织的建立，到如今二十余年，团藏的心一直在变化着，摇摆着。一直徘徊于木叶的利益至上，还是木叶火影那遥不可及的掌控者的身份……
在志村团藏快要放弃之时，第二次忍战结束让他看到了希望。艰难生活在忍界的那些流离失所的孤儿们，那些在战争中牺牲的优秀忍者所留下的遗孤，拥有可怕天赋却得不到有心人引导，尚未成熟却值得改造的孩子们——
木叶的未来？
志村团藏的希望！
岁月不可复制，年纪愈见老迈。当上火影，猿飞日斩已经逐渐忘了忍者间的战斗，沉溺于所谓的木叶最强、忍界之雄的封号之中，不可自拔，固步自封……与志村团藏同属于一辈人，彼此又是一直以来的竞争者，谁又强谁多少？谁有输谁多少？
一个力争上游，继续冲刺着忍道之路，艰难的努力与进步。一个“荒废”忍学，在安逸的生活中逐渐丧失了争强好斗之心。
忍者，如逆水行舟，不进则退！
……
木叶有长老团，在木叶中有着举足轻重的地位。而木叶的长老团顾问，则是长老团的代表，在一定程度上，能够影响木叶火影的决策！
木叶顾问——转寝小春、水户门炎。
长老团中的长老，要么是木叶的老一辈强者，要么是木叶某些家族的族长或族内地位极高的一群人。水户门炎与转寝小春领衔着这一群人，完全可以称得上火影目猿飞日斩之下的第一权势之人，比志村团藏的根组织要强。
但事实上，并不是。
秘密，它之所以是秘密。并不是它无人所知，而是知道的人甚少。但，终究会有人知道，在这个世界上，没有不透风的墙。
当初水户门炎与转寝小春是如何年纪轻轻成为木叶长老团顾问的，这个秘密终是会有人泄露出去，让人知道。而泄露这个秘密的人，不是别人，正是志村团藏！
志村团藏其实也算得上是木叶的长老团顾问，但相比于转寝小春与水户门炎却要差上许多，别人可是玩政治的。尤其是，转寝小春与水户门炎虽不是夫妻，但一直以来都出双入对，相敬如宾，要说两人之间没有不得不说的悱恻故事，志村团藏打死都不相信。
志村团藏受二代目千手扉间的影响很深，一度认为由扉间所创的暗部是木叶的终极力量！可暗部属于火影，于是放弃了与小春、门炎在政治方面的争权，想要组建一支不下于暗部的根组织。
却哪里想到，长老团才是木叶最可怕的存在！
哪怕那群长老已日暮西山，远不复当年之勇，但它们不行，却不代表他们身后的势力不行。没多久，志村团藏便后悔了。但是后悔却已于事无补，如今的长老团已容不得团藏的涉入。故此，他方才坑了转寝小春与水户门炎一把，将他们拉下神坛！
这个坑，足足坑了转寝小春与水户门炎足足二十六年！
一开始，唯有宇智波与日向两族不遵从他们这两个木叶顾问的命令。可是在那个秘密被泄露之后，便有三分之一的人临阵倒戈，超过一半的人作壁上观，剩余的人也大多是墙头草，属于两头倒的人物。
这个秘密到底是谁泄露出去的？
水户门炎与转寝小春将嫌疑人锁定在了志村团藏与猿飞日斩两人的身上。而最大的怀疑对象便是猿飞日斩。见不得两人做大，威胁到木叶火影的地位，猿飞日斩实在是不做第二人选。至于志村团藏，这个二十多年来毫无建树的男人，逐渐被他们无视了。
转寝小春与水门门炎的日子过得很憋屈。木叶顾问听着的确很牛。
而且，在某些事上，猿飞日斩这个火影的确要与他