第二纪元归一劫乃是巫族因人族蛊惑与妖族发生大战。十二先天祖神之一的妖祖东皇太一应劫而亡。
巫妖大战时期，妖族有周天星斗大阵，用河图洛书做阵眼，对抗巫族的十二都天神煞大阵，12祖巫都有准圣修为，不过太一和帝俊用鲲鹏都是当时的佼佼者，二族不分胜负，后共工身陨，后土化身六道，巫族败亡之际，鲲鹏携河图洛书逃遁，周天星斗大阵破灭，帝俊大怒自爆身躯，蓐收、句芒以及靠得比较近得奢比尸均覆灭，太一悲愤不堪击杀了玄冥，烛九阴和龠兹自爆躯体终于把太一弄的身受重伤，太一大喝道：天地不仁，以万物为刍狗，圣人不仁，以生灵为蝼蚁。这便是天道？既然天道要灭妖族，那今天我是拼死一战。”言罢化身三足金乌催动东皇钟自爆元神。太一身陨陪同的还有剩下的祖巫一起陨落。至此，巫族与妖族势弱。但十二先天祖神的祖龙、祖凤、祖凰、朱雀、玄武、白虎不忍妖祖应劫，人族大兴。便传圣灵之法于妖族，因此，第三纪元，妖族纵横，圣道天下，称。