一路都是溃兵，还有一些阻碍自己的南蛮子，马九玉虽然残暴，但这个时候根本不敢与这些南蛮子纠缠。
这不，刚刚过了玄武桥，就看到一个和尚带着上百人堵住去路，马九玉内心一惊，赶忙拍马向后跑，但后面溃兵甚多，让战马根本跑不起来。
而和尚或者看出自己是一个大官，竟然高喊着率众杀了过来，最后马九玉被团团围在一个大街上，不得不拔剑自刎。
方以智狠狠的瞪了瞪正在地上挣扎的马九玉尸体，满脸充满不屑的对众人说道：“各位，鞑子也不是什么好怕的，看鞑子这个大官不是死在众人之手吗？”
众人高声称是，有的声言若非大师施展妙计，忠勇军要攻破南京城池定然还要费一番功夫。
方以智嘿嘿的笑着，要求大家维持秩序，迎接大军入城。
在当天下午杨昭骑马进入南京城，带着护卫队巡视数条街道后，来到明朝南京皇城，翻身下马。
此时护卫镇早已经控制了南京皇城，笑着问道：“大家都说有一个和尚六根不清净，不爱木鱼爱武装，要不是这个和尚我们要进入南京城可怕还要多费一点力气啊。”
顾炎武笑道：“圣上，这个和尚微臣认识，名叫方以智，乃桐城人士，崇祯十三年中的进士，鞑子下江南的时候参与义军，内江公的时候多次招他为东阁大学士，他多次推辞，说什么粤西（原来为西南）更望层云黑，谁把新亭泪眼看啊。
孔有德占领桂林之后这个方以智被马蛟驎捉住后，反复劝降，就是不从。没有办法，马蛟驎在他左边放了一件清军的官服，右边放了一把明晃晃的刀，方以智毫不犹豫的选择右边。
马蛟驎敬佩方以智的气节，就让人给他剃度了，从此世上就没有方以智，就有弘智和尚。”
众人一听，大笑不已。
杨昭笑道：“看来这个方以智真的是一个有识之士啊，看来我中华大地从来不缺敢死之士啊。
顾兄，这个方以智在哪里，帮朕找来，告诉他鞑子逼他当和尚，但朕，天下黎民百姓要他还俗啊。”
顾炎武一听大喜过望，连声称是。
孔诞2202年（公元1651年）12月下旬，经过近半个月苦战，忠勇军攻占鞑子重兵布防的南京城，光复南京这大明的开国之都。
杨昭大赏有功之臣，15营参将温自让攻破城池有功，提拔为副将，令其组建第21镇，丙种镇建制。
基于其他各镇有功将领也多有封赏。
令右大都督蒋世铉兼任江苏巡抚，枢密院主事唐甄为南京府知府，以安顿民众。
考虑到济尔哈朗、耿仲明正率部东逃，令马宝率领骑兵营先行追击。
当夜无话，第二天一大早杨昭调兵遣将，准备亲率主力前往追击耿仲明，众人力劝，有的声言南京乃朱元璋陵寝所在地，无论如何也需要前往祭拜一番，如此即表明继承大明正统地位，又可以安抚各地民众。
再说了年关将近，最后能够留在城内安定民心。
杨昭沉思片刻，令顾炎武、王夫之写祭文，令刘豹负责安全，以祭奠朱元璋。
除此之外，令枢密正使殷承柞统率冯有庆第7镇、李来亨第15镇追击耿仲明部。
留下郝永忠第14镇与刚刚组建的第21镇驻防南京城，以保证后方安全。
看着追击大军逐渐消失在眼前，杨昭感到一阵失落，这个时候没有电灯电话电报，再加上通讯非常封闭，信息传递非常缓慢。
看着杨昭颇为忧郁，参谋司长袁宗第笑道：“圣上，鞑子早已经如惊弓之鸟，再加上这次我们安排多路兵马重兵追击，料想鞑子断难逃过长江啊。”
杨昭尴尬的笑了笑，正准备前往朱元璋的孝陵，看见方以智赶了过来。
见礼之后，看着穿着袈裟的方以智，杨昭笑道：“方以智，你本忠义之士，也为前朝进士，马蛟驎让你当和尚就当和尚，这不是听鞑子的。
朕就托大做一个主，你这个被迫当和尚的就不要再当和尚了。”
方以智迟疑道：圣上，微臣早已经习惯了闲云野鹤的生活，还是不还俗的为好。”
杨昭笑道：“习惯可以改变啊，在鞑子屠刀之下你坦然面对，这是忠贞的表现，现在天下光复了，你还俗当一个正常人，更是忠义的表现啊。
这样吧，你也知道这官员讲究一个规避原则，不能在本省之内当官，你先作为南京府同知，协助唐甄工作吧。
等朕光复那个北方那个省会后，还需要先生大才呢？”
方以智一听，大喜过望，连连点头表示同意。
到中午时候，顾炎武、王夫之等人将写好的祭文呈上来，杨昭细看之后笑道：“两位先生，你们确实是老实人，肯定洪武爷与朕的功绩有余，但开创新不足啊。”
两人面露难色，一个个内心嘀咕自己召集十多个江南大儒商议多时，怎么一句话都否定了。
看了看两人，杨昭笑道：“两位先生，这当然是好文，我们一起讨论一下看这样改改行不行？
朕虽然继承朱元璋的驱逐鞑虏，恢复中华大业，在这方面是没有任何问题的，朱元璋毫无疑问是朕的榜样，是朕的楷模。
但朱元璋也有很多政策值得探讨，我说说你们看看：
朱元璋屠戮功臣，虽然有一些功臣过于嚣张跋扈，但大多数还是兢兢业业，恪守人臣本分啊。
朱元璋底薪养官，一个正七品知县一年不到108担粮食，还