越南军队的战斗力果然不怎么样，一个月的功夫，似乎只攻克了一个县城，县太爷名叫游威，他招募乡丁守城，还将衙役、师爷等人都派上了用场，死守了将近半个月才被攻破。越南军的进攻因此受到了阻碍，明朝的援军不断到来，很快他们就三面受敌，只好且战且退。
万历六年八月初五，刘的东军，和广西当地的卫所兵，总共十余万人，在广西镇安一战，大破越南军，斩敌两千余人，将越南十余万侵略军赶回越南境内。
刘根据从家族那学来的经验，派人寻找到了黎氏后人，是原来黎王的三儿子。万历六年八月二十六，刘举着光复黎朝的旗号，以镇压越南叛乱为由，攻入越南境内。黎氏政权在越南有着近两百年的历史，越南北方各地看莫氏立足未稳，纷纷倒戈，拥立黎氏三儿子为王，在明军的带领下，不到一个月的功夫，就收复了整个越南北部，兵临清化城下。
莫氏的根基是在南方，他们家族原本就是南方的一个大世家，刘攻了几次清化城都没有攻下，由于不熟悉地形，没有能快速包围住清化城，现在随着南部莫氏到来的兵力越来越多，双方实际上谁也打不了谁，两军在清化城北开始了对峙。
军情的奏报传到了京城，万历看了以后，直觉就想起了二战后的朝鲜，现在的越南就好比1951年的朝鲜，想想以前那个时代北朝鲜和南朝鲜（韩国）的分裂，以及他们生活水平上的巨大差别，想想他们虽然血浓于水，却不得不长期相互隔离甚至战争……造成这一切的原因就在于中国与美国在朝鲜地战争没有打完，打到一半就讲和了。把人家国家活生生分成两半。
现在越南的战争也是这样，要么就全部退兵，要么就打掉南部、统一整个越南，千万不能讲和，讲和是对越南人民的一个巨大伤害。
万历当机立断，让两广总兵继续调兵增援刘，另外考虑到云南苗兵距离最近，战斗力不错。又十分适合山林湿地作战，也一并征调了两万余人，进入越南。江南水师也调出两个营，并且运送福建、浙江等地精兵万余，从福建泉州港出发，穿过中国南海，从海路直接进攻越南南部。
清化城边的两军对峙两个月后。明朝的各路援军陆续到达，陆上兵力达到二十五万，堪称明朝一百年来出动兵力最多的一次，而且现在的明朝士兵个个利刃坚盾，后勤保障充足，比起一百年前英宗征蒙古的那四十万大军不知道要强上多少。于是，莫氏地军队开始节节败退，在他们撤出清化城后的第三天，明朝的海军在越南南部占城登陆。一万余闽浙士兵在后方的出现，沉重打击了莫氏的信心。不久之后，莫氏逃往真腊（老挝），他手下的部众顿时投降的投降，逃跑地逃跑，如作鸟兽散，越南全境平复。
越南平复了，现在最为突出的问题就是，越南是要重新让黎氏的三儿子为王。然后明军撤出越南，继续接受越南的封贡？还是效仿当年成祖皇帝，将越南并入明朝管辖？
其实黎氏的族人大多被杀，只有少数人逃亡。所以他们的根基早已失去大半，要想让黎氏继续统治越南是很难的。但是，如果明朝就此占领越南，似乎不够名正言顺，考虑再三，万历下令从越南撤兵，越南境内不留一兵一卒。
对于这一点。朝中大臣都很不理解。按照他们的思维，现在理应继续驻兵镇守越南。等黎氏站稳脚跟，再行撤兵不迟。
只有张四维等少数大臣明白万历的意思，所以极力赞成撤兵，因为越南已经平复，继续驻兵不但徒乱人意，而且军饷粮草也供应不上。
果然不出所料，明军撤出后不久，越南又发生骚乱，越南宫中失火，黎氏三儿子失踪，越南军的不同派系彼此间争斗不止，如果让事态继续发展下去，似乎很有可能形成越南地“战国时代”。
经过这样一折腾，越南百姓就非常希望明朝能再次派兵平乱，在万历的授意下，刘一直派越南一些本地人在越南境内宣传明朝，特别是越南在汉朝、唐朝时作为中国一个郡县的那段历史，“大理已附，交趾何时归”？大理即云南，交趾即越南。
万历六年十二月二十五，明军为平息越南内乱，再次引兵十万入境，占领越南王城，对越南各路军队的兵权，能收回的收回，不能收回的一律武力镇压，然后重新组建一支统一领导的越南本地军队，归入明朝管辖。
越南设安南布政使司，设升龙、清化、占城三府，下辖二十六个县，越南衙门官员的体制全部跟明朝其他省份一样，并且大多任用越南本地人，刘直接留任安南总兵，主掌越南兵权，负责当地地治安。
为了能够巩固明朝在越南的统治，万历连着下了好几道圣旨，一方面命安南布政使发榜安民，特别是安抚那些当地的大世族，要跟他们说明，他们的财产，特别是土地，不会受到任何侵犯，不会像明朝其他地方一样需要受到种种限制，不但如此，从明年开春起三年内，免越南各地一半田租，免除徭役。
另一方面，交代广东、云南各地，将明朝一些比较先进地东西引入越南，由越南各地县府衙门负责普及，比如铁器、水车、犁，甚至是甘蔗、花生等，只要越南人民用了，能切实感受到好处的，都要引进。另外，越南的纬度最低，日照最强，更适合三季稻的大量种植，万历下令，在越南普及三季稻的同时，提高官府对越