大汉王朝继承五帝的遗风，接续三代中断的大业。因周朝王道废弛，秦朝毁弃古代文化典籍，焚毁《诗》、《书》，以致明堂、石室的珍贵图书典籍散失错乱。而这时汉朝兴起，萧何修订法律，韩信申明军法，张苍制立章程，叔孙通确定礼仪，于是品学兼优的文学之士逐渐进用，《诗》、《书》等被毁弃的古书亦不断在各地被爱好文学的人士搜寻并献出。[1]
等到汉武帝即位，汉朝兴起已有六十余年，海内安定，府库充实，然而四边未服，制度多缺。皇上刚刚兴办文武大业，欲求人才唯恐不够，用蒲轮车迎年老的枚乘，见到主父偃而叹息相见太晚。群士羡慕向往，异人奇才同时出现。卜式起于放牧，桑弘羊从商人中提拔，卫青自奴仆中奋起，金日磾出于降虏，这些都是古代建房子卖牛之类的人。汉朝所得的人才，在这个时候最盛，儒学文雅有公孙弘、董仲舒、倪宽，忠厚有石建、石庆，质朴有汲黯、卜式，推举贤士有韩安国、郑当时，制定法律条令有赵禹、张汤，文章有司马迁、司马相如，滑稽有东方朔、枚皋，应对皇上提问有严助、朱买臣，历数有唐都、洛下闳，协调音律有李延年，运筹财政有桑弘羊，奉命出使有张骞、苏武，领兵有卫青、霍去病，受遣诏保幼主有霍光、金日磾，其余不可胜记。
司马迁的祖先是周朝时期掌管天官及史书的官员，所谓‘发愤‘，就是指一个人身处逆境而其志不屈，更加激扬奋发而有所作为。司马迁发愤著书，有两方面的内容。第一，忍辱发奋，从沉痛中奋起，用更加坚韧的毅力来完成传世之作。第二，揭露和抨击统治者的荒淫和横暴，同情社会的下层人民，歌颂敢于反抗、敢于斗争的历史人物，把个人的不平和愤懑，宣泄在对历史人物的褒贬上，述往事，思来者，升华了《史记》的主题，这是加害于司马迁的统治者们非始料所及的。
司马迁受腐刑在天汉三年十二月，出狱大约在天汉四年二、三月。受腐刑后需要在蚕室静养一百日。《盐铁论·周秦篇》：‘今无行之人，一旦下蚕室，创未廖，宿卫人主，出入宫殿，由得受奉禄，食太官享赐，身以尊荣，妻子获其饶。‘这情况大约就是指司马迁。这年司马迁四十九岁，出狱后被用为中书令。
中书令本由宦官充任，此职是皇帝身边机要秘书长官，侍从左右，出纳章奏，位卑而权重，被朝野目为‘尊宠任职‘。司马迁因受腐刑得此官，他认为是人生极大的耻辱。从身体上说，‘大质已亏缺‘，失去了人的尊严；从心态上说，与宦官为伍，被视为无行之人。而且在传统的孝悌lún_lǐ观念中，还要辱及祖宗。《孝经》开宗明义，第一章孔子语曾子曰：‘身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也。‘孟子说：‘不孝有三，无后为大。‘①所以古人把髡刑剃发也视为耻辱之刑，更何况腐刑乃殄灭不育之刑，它比杀头更要折磨人的心灵。所以，司马迁视为奇辱，不仅‘重为乡党戮笑‘，而‘污辱先人，亦何面目复上父母之丘墓乎？‘他在《报任安书》中凄怆满怀地诉说他的痛苦：‘太上不辱先，其次不辱身，其次不辱理色，其次不辱辞令，其次诎体受辱，其次易服受辱，其次关木索被垂楚受辱，其次剔毛发婴金铁受辱，其次毁肌肤断支体受辱，最下腐刑极矣。‘司马迁一气排列了十种耻辱，这都是人世间的极大不幸，而‘最下腐刑极矣‘。一个‘最‘字，还要加一个‘极‘字，可以说把耻辱写到了极点。它使司马迁陷入了欲生不得欲死不能的痛苦境地，‘是以肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出则不知所如往。每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也。‘在这种心境下，给予司马迁以生的力量，唯有那无声的立言事业还未完成。因此司马迁说：‘所以隐忍苟活，函粪土之中而不辞者，恨私心有所不尽，鄙没世而文采不表于后也。‘封建专制社会的世态炎凉、人情冷暖与权势浮沉密切关联，人处逆境才能有亲身体会。司马迁身受腐刑，体味三重，人主的喜怒无常，便意味着人臣的祸福莫测。专制主义的荼毒，擦亮了司马迁的眼睛，使他看清了‘明主‘这一绝对君权的残忍本质，深深认识到过去‘以求亲媚于主上‘是‘大谬不然‘，于是一反常态，表现了对国事、世事的冷漠。太始四年（前93），司马迁已五十三岁，任中书令已五年，他除了埋头撰述《史记》外，在政治上没有什么作为。这时，司马迁的好友益州刺史任安，心中沉不住气了，他觉得要给司马迁以鼓励，给他写了一封信，教以‘慎于接物，推贤进士‘。任安的信，好似一石击起千层浪，它把司马迁积滞在心中的郁闷引发出来，爆发在回信《报任安书》中。在这封信中，司马迁把他对世情的感慨，对人生的悲愤，对专制君王的认识，对理想事业的追求，尽情地倾吐出来，如泣如诉①(《汉书》卷二十三《刑法志[2]》)，慷慨悲凉，理正而辞严，具有很强的感染力。两千多年来，成为脍炙人口的名篇。
《汉书·艺文志》载，司马迁有赋八篇，今存仅《全汉文》辑有《悲士不遇赋》一篇。从内容看，这篇赋也是司马迁受刑以后悲叹生不逢时的作品，可与《报任安书》相互补充。在赋中，司马迁指斥天道微暗，美恶难分，‘理不可据，智不可恃‘，他内心充满了矛盾和痛苦。一方面消极厌世，‘