原本以为会一帆风顺的越南事件，想不到最后还是出了点事情，越南平复后，江南水师的两个营稍作了休整，就重新启航，返程前往泉州，不料在吕宋（菲律宾）附近海域遭遇弗朗机（西班牙）的船队，西班牙人大概是第一次看到明朝的水师，以为会对他们不利，加上双方言语不通，就开打了。这一战，大概只是打断了几根桅杆、甲板破了几个洞的样子，双方应该都没有尽全力，就这样略加接触后，西班牙船队便撤退了。
江南水师的这两个营主要是负责运输和护航，装有火炮的战舰只有二十余艘，其余是大量的运输船只，所以船队拉得很长。事故就这样发生了，西班牙人去而复返，正好截住了江南水师后面的运输船，在后面护航的几艘战舰寡不敌众，无法保护运输船，被西班牙人击沉了一艘，击伤了五六艘。
接到信号后，前面的战舰折返，合力赶走了西班牙人，将落水的士兵救起，然后返回了泉州。
万历接到奏报后，知道这是一个开端，明朝海事的一个开端，这七年来，明朝的天津、江南、广州三地船厂日夜造船，不知道花掉了多少税银，而除了江南水师这两年因为台湾跟日本海盗有些小战斗外，这支强大的东方舰队，还从未驶离港口、从未出现在西方人的视野里对万历花大量的税银在造船上，大臣们一向是很有意见的，这其中也包括张居正，所以万历是挖空心思啊，那段时间，万历天天都找借口，看吏部的官员名单。一遍一遍地看，希望能把所有自己有点印象的名字都找出来，虽然万历的历史知识水平有限，但所幸穿越前刚看过一本明朝小说，像宋应昌、邓子龙、俞大猷、陈等人，还是被万历发现了。
这几个人都是出了名的热衷海事，又受到了万历地重用，他们才不会理会朝中大臣。该怎么做就怎么做，而且他们对于海上作战都很有自己的一套，所以各地水师的发展，都大大出乎了万历的意料，要不是自己穿越了过来，万历可能一辈子都不知道，明朝的船舶技术是这么的先进。明朝人民的制造效率是这么的高。
现在据万历所知，天津水师有六个营，江南水师有八个营，广州水师是四个营，总共约有大小战舰两千余艘。因为各地地总督不同，所以各地的舰队状况略有不同：天津水师的主力舰只偏大，据说接近当年郑和下西洋时的水平；江南水师的特点就是火炮装载数量多，分为三层，三层各是不同射程、不同威力的大炮；广州水师则是根据当地海域的特点，船只大多是风帆、划桨双动力地。而且结构复杂，有很多专为南海海域考虑的船体设计。
现在，明朝水师的第一次出海，就碰了个钉子，西班牙、葡萄牙、荷兰、英国……现在是1579年，恰好是大航海时代的开端，西班牙已经占了菲律宾作为殖民地了，可见。欧洲“列强”的手已经伸到东亚来了，伸到黄种人这边来了，东方文明是否还会被西方文明所欺压？历史能否改变，恐怕关键就是在这个时候了。
西班牙。你们的无敌舰队还没有被英国打败吗？葡萄牙还没有脱离西班牙独立吗？荷兰还没有崛起吗？这一切，万历都还不知道，而他现在更关心的是：海上的利益是不是都已经被这些国家瓜分了？也许，明朝的海军也该踏上历史的舞台了。
万历下旨，令江南水师总督俞大猷遣使乘船前往菲律宾，与西班牙人进行交涉，这次最为关键地。并不是要西班牙人赔偿道歉。而是要弄清西班牙在亚洲的势力范围，以及他们对东亚（中国、日本等）的了解与他们的态度。
万历知道。要想建立海上的霸权，与西方列强一战是必不可少的，但在这之前，要先知己知彼。
万历七年二月初二，这一天，万历无意中听到了一个非同寻常的名字。
在很早的时候，万历就交代南京锦衣卫衙门，要专门注意跟西方国家有关地人或事，定期把收集的情报让万历过目。这一次，万历看到了这样一个信息：
越南并入明朝后，明朝官员发现，在越南清化城，竟然有一座教堂，有着数位西方的传教士，大概是明朝官员不支持他们传教，所以这些日子这些传教士与当地衙门多有冲突，但是事情还没闹大。
锦衣卫还把那几位传教士的名字列了出来，其他地名字万历不认识，但其中一个却很熟悉：利玛窦。
印象中，利玛窦的确是万历年间来到中国传教的，没有想到的是，他之前居然是在越南传教，据说现在越南信天主教的信徒他们只发展了三个，实在是很惨。
万历找了个借口，说天朝包容万物，唐朝时就有唐僧去天竺取经，使佛教在中国盛行。现在传教士们远道而来，何不也开方便之门？而且在澳门早就有葡萄牙传教士常驻，现在允许传教士们进入大陆传教，在广州赐地一处，作为传教士们传教之用。
这个消息传到越南、澳门，利玛窦等人都很兴奋，他们马上赶往广州，另外，他们也不知道哪来的钱，居然立即在广州兴建教堂，不出两个月，一座崭新的教堂诞生了。这是中国大陆上第一座教堂，万历知道，以后它一定会很有名。
几个月后，万历下旨说对西方地科学文化很感兴趣，命广东巡抚挑选一名西方传教士进京觐见，广东巡抚“理所当然”地选了利玛窦，派人护送其进京。
万历七年七月十六，乾清宫。<